2006年12月至2007年10月，财政部组织开展了全国行政事业单位资产清查工作（以下简称资产清查工作）。资产清查结果显示，截至2006年12月31日，全国行政事业单位国有资产总额达到8.01万亿元，其中净资产总额为5.31万亿元，占全部国有净资产总额的35.14%。从单位类别看，行政单位占25.63%，事业单位占74.37%；从级次看，中央占15.24%，地方占84.76%；从资产构成看，流动资产占37.75%，固定资产占52.19%，对外投资占2.14%，无形资产占1.09%，其他资产占6.83%。
本次资产清查的基准日为2006年12月31日，具体涉及150个中央部门和36个省、自治区、直辖市及计划单列市，共计67.2万户独立核算的行政事业单位。为组织做好资产清查工作，财政部成立了全国行政事业单位资产清查工作小组，统一部署全国资产清查工作。各地区、各部门、各单位也分别成立了资产清查工作小组，具体负责本地区、本部门、本单位资产清查工作的组织实施。各级财政部门委托社会中介机构对资产清查结果进行了专项审计。